Để bảo toàn lực lượng ít ỏi, Mạc Kính Khoan trá hàng nhà Lê.

Sau một thời gian cố thủ tại Cao Bằng, ông sai người dâng biểu về triều xin quy thuận. Lê Thần Tông cũng thấy không thể diệt ngay hết được nhà Mạc nên thuận phong Mạc Kính Khoan chức Thông quốc công và giao trấn giữ vùng biên giới. Lê Thần Tông và chúa Trịnh khen đãi Mạc Kính Khoan bằng lễ vật đặc biệt.

Việc hậu đãi Mạc Kính Khoan còn có lý do khác, vì khi đó mâu thuẫn giữa Trịnh Tráng và Nguyễn Phúc Nguyên ở Thuận Hóa đã rất căng thẳng và chúa Trịnh dự định khởi đại quân vào nam để dẹp Phúc Nguyên, vì vậy muốn yên ổn ở biên cương phía bắc. Không lâu sau (1627), cuộc chiến Trịnh-Nguyễn phân tranh bùng nổ.

Trong vòng 10 năm được yên phía bắc, chúa Trịnh 2 lần mang quân nam tiến nhưng không thành công. Trong khi đó Mạc Kính Khoan vẫn không chịu bỏ tước hiệu nhà Mạc, không chịu nghe theo chiếu lệnh của nhà Lê, mặt khác còn tiếp tục khôi phục thế lực.

Tới năm 1638 Mạc Kính Khoan mất, con trai là Mạc Kính Vũ xưng vương, lấy niên hiệu là Thuận Đức, lại chống Lê Trịnh.

Các sử sách chính thống của nhà Lê Trung hưng và nhà Nguyễn đều cho rằng Mạc Kính Khoan không có miếu hiệu và thụy hiệu vì họ cho rằng chính quyền Cao Bằng chỉ là tàn dư phản loạn nên không đi sâu vào lĩnh vực chuyên môn, tuy nhiên trong cuốn Việt Nam Mạc thị gia tộc dữ Trung Quốc quan hệ nghiên cứu gần đây của học giả Ngưu Quân Khải người Trung Quốc thì Mạc Kính Khoan có miếu hiệu là Quang Tổ và thụy hiệu là Hòa Thiên Phù Địa Độ Văn Khánh Vũ Huệ Nguyên Hoàng đế.